O edifício, onde encontra-se o Seminário Missionário Bom Jesus de Aparecida, São Paulo, sem dúvida é um dos prédios históricos de maior importância construído no século XIX. O projeto é do engenheiro paulista Dr. Francisco Carlos da Silva, diplomado da França. Segundo relatos, o arquiteto se inspirou no palácio de Versailles, na França. O mestre de obras foi o italiano Augusto Fiorani e o empreiteiro foi Nicolau Guilherme.

Em 06 de agosto de 1894 foi lançada pelo 8º Bispo de São Paulo, Dom Lino Deodoro Rodrigues de Carvalho, a Pedra Fundamental do Seminário. O objetivo era atender como Seminário Central, as Dioceses do Sul do Brasil. O Papa Leão XII reconheceu a importância do projeto e, por isso, aprovou e o abençoou. O idealizador do projeto Dom Lino, veio a falecer logo em seguida.

O seu sucessor Dom Joaquim Arcoverde de Albuquerque e Cavalcante, transferido mais tarde para o Rio de Janeiro, onde se tornou o primeiro Cardeal da América Latina, deu início à construção do prédio, que foi continuada por seus sucessores Dom Antônio Alvarenga e Dom José de Camargo Barros, ambos arcebispos da arquidiocese de São Paulo.

Para a construção do prédio, foi montada uma olaria própria, onde foram fabricados os tijolos enormes e requeimados, cada um deles possui a marca NSA (Nossa Senhora Aparecida).

Em 2007 e 2010 o edifício passou por uma grande reforma por ocasião da visita do Papa Bento XVI, onde Dom Raymundo Cardeal Damasceno de Assis contou com o apoio de instituições de ajuda da Igreja Católica e de diversas entidades empresariais, dando assim as condições estruturais modernas e necessárias, sem mudar interna ou externamente a concepção original do arquiteto.

Atualmente, o prédio abriga o Seminário Missionário Bom Jesus (local de formação dos futuros sacerdotes da Arquidiocese), a Cúria Metropolitana da Arquidiocese de Aparecida e a Pousada do Bom Jesus.